据成书于清乾隆四十九年（1784）的《杭州府志•方技》记载：“明朝朱养心，余姚人，徒于杭，幼入山，得方书，专门外科，手到疾愈，迄今子孙皆世其业”。
本公司始创于明万历年间（1573-1620），与《本草纲目》同时代问世的朱养心药室。创始人朱养心及其后人在长期的医疗实践中形成了以膏丹为主的外治法特色，并创建了名震江南的朱养心药室，其家传产品以治疗跌打损伤、痈疽疮疡的膏药和防治眼疾的眼药为主体，选用道地药材精心炮制而成。当家产品有：万灵五香膏、阿魏狗皮膏、阳和解凝膏、红膏药及八宝神效眼药等15类。当年各类成药均在药名前冠以“朱氏”二字，以示正宗。晚清年间，可谓“朱养心药室”的全盛时期，当时由民间集资在大井巷为朱养心建造大宅一幢，前店后厂。旧时这一带地处交通要冲，商家林立。朱养心作为当时四家国名药店之一，常常是门庭若市、购者如云。几个世纪的悠远岁月，在民间留下了有关朱养心的许多美丽传说。其中最为有名和感人的是“泼水墨龙”与“和合二仙”的故事以及“良药良医世沾幸福，利人利已天赐吉祥”的佳话。
朱养心其技术秘方的手抄本保存至今，前店后厂的老宅仍处在杭州市现在重点保留与维护的历史街区——大井巷13号原址。在杭州市档案管内可以查阅到朱养心在解放前后的各类档案资料，现存的各类书刊史料也均记载有朱养心的情况，如《金字招牌——杭州名店》、《杭州医药商业志》、《杭州市志》（第七卷）、《中华老字号》画报等，朱养心已经成为祖国传统中药发展史的见证，为祖国传统文化增添了光彩的一笔。
建国后，这个作坊式的药店历经艰难曲折，逐步组建成符合现代管理规范的制药企业：1956年，公私合营时朱养心后人的私股资金已所剩无几； 1966年，曾更名光明药室；1982年7月正式建立朱养心膏药厂；1988年6月更名朱养心药厂；2001年3月，改制为有限责任公司，更名为杭州朱养心药业有限公司。